Fakultas Agama Islam (FAI) Universitas Muhammadiyah Jakarta telah berdiri sejak tahun 1962 merupakan penggabungan program Strata Satu (S.1) Fakultas Tarbiyah, Syariah dan Ushuluddin berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Bimbaga Islam Departemen Agama RI Nomor E/198/96 tanggal 20 Nopember 1996. Selanjutnya memperoleh status disamakan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Bimbaga Islam Departemen Agama RI Nomor E/284/1998 tanggal 3 September 1998. Hingga saat ini Fakultas Agama Islam memiliki 6 (enam) Program Sarjana yakni (1) Program Studi Pendidikan Agama Islam; (2) Program Studi Perbankan Syariah; (3) Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah; (4) Program Studi Manajemen Zakat Wakaf; (5) Porgram Studi Komunikasi Penyiaran Islam; dan (6) Program Studi Hukum Keluarga Islam, kemudian 1 (satu) Program Magister Studi Islam, dan 1 (satu) Program Doktor Manajemen Pendidikan Islam.

Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan Islam didirikan (MPI) pada tahun 2015 melalui dengan Surat Keputusan Dirjen 7163 Tahun 2014 tanggal 16 Desember 2014. Selama lebih dari 10 tahun, program studi Doktor Manajemen Pendidikan Islam telah menjadi salah satu UPPS yang mampu menempatkan dirinya hingga pencapaian 5 (lima) besar dalam pengelolaan pendidikan tinggi jenjang Strata Tiga untuk bidang Manajemen Pendidikan Islam di wilayah Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi III dan IV. Hal ini tentu saja tidak terlepas dari peran dan ontribusi seluruh jajaran pimpinan, sivitas akademik UPPS, dan para pemangku kepentingan UPPS yang senantiasa konsisten memberikan masukan perbaikan yang konstruktif demi menjaga integritas tata kelola sistem pembelajaran yang kompetitif dan terkemuka dengan berlandaskan nilai-nilai Islam.

Menjadi Pusat Studi Islam dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam, melahirkan Doktor yang memiliki kompetensi akademik untuk merancangbangun pendidikan Islam atas dasar pemikiran filosofis pada tahun 2025

Misi Prodi Doktor MPI memfokuskan diri pada penjabaran visi prodi melalui penyelenggaraan: (a) pendidikan, (b) penelitian, (c) pengabdian kepada masyarakat, (d) kemitraan/kerjasama, (e) sumber daya dan sarana prasarana, dengan ciri khas dan keunggulan pada cakupan rumpun keilmuan, sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan Pendidikan S3 secara formal yang mampu memberikan penguatan terhadap sistem Pendidikan berbasis keunggulan melalui pengajaran dan penelitian yang berlandaskan nilai-nilai al-Islam dan Kemuhammadiyahan;
2. Mengembangkan rancangbangun pendiidkan Islam atas dasar pemikiran filosofis;
3. Mengembangkan dan menerapkan riset-riset unggulan yang mampu menjadi contoh bagi pengembangan manajemen pendidikan Islam;
4. Mengembangkan desain Pendidikan Islam khususnya dalam bidang manajemen yang sesuai dengan tuntutan zaman.

Misi Prodi Doktor MPI selanjutnya menjadi acuan strategik dalam pengelolaan prodi dan dilaksanakan secara amanah, konsisten, dan berkelanjutan, diikuti dengan monev dan tindak lanjut hasil monev secara proporsional, cepat, efektif, dan efisien, guna memastikan bahwa seluruh unsur dan harapan VTMS dapat terselenggara secara tepat dalam mewujudkan Visi Prodi tahun 2025 yang terkemuka, modern, dan berlandaskan nilai-nilai Islam.