Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan Islam didirikan (MPI) pada tahun 2015 melalui dengan Surat Keputusan Dirjen 7163 Tahun 2014 tanggal 16 Desember 2014. Selama lebih dari 10 tahun, program studi Doktor Manajemen Pendidikan Islam telah menjadi salah satu UPPS yang mampu menempatkan dirinya hingga pencapaian 5 (lima) besar dalam pengelolaan pendidikan tinggi jenjang Strata Tiga untuk bidang Manajemen Pendidikan Islam di wilayah Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi III dan IV. Hal ini tentu saja tidak terlepas dari peran dan ontribusi seluruh jajaran pimpinan, sivitas akademik UPPS, dan para pemangku kepentingan UPPS yang senantiasa konsisten memberikan masukan perbaikan yang konstruktif demi menjaga integritas tata kelola sistem pembelajaran yang kompetitif dan terkemuka dengan berlandaskan nilai-nilai Islam.